合作協議中的免責條款制定需要遵循一定的原則和方法，以確保其合法有效。

首先，免責條款的制定應基于雙方充分協商且達成一致。這意味著雙方需在平等、自愿的基礎上，對可能涉及的免責事項進行深入討論和交流。

在制定免責條款時，必須符合社會公共利益的要求。合同中的免責條款不能損害公民及親友的生命健康、名譽、榮譽、財產等合法權益，也不能侵犯國家、集體或第三人的合法權益和利益，否則將被視為無效。

同時，要合理分配雙方當事人之間的權益與風險。這是免責條款的關鍵功能之一。例如，在既有的價格、保險等機制的背景下，通過免責條款合理分配風險，決定誰在實際上投保抵御風險，影響合同標的價格。但如果免責條款限制或剝奪了另一方當事人的權益，或故意加大另一方當事人的風險，則可能被認定為無效。

另外，需要注意的是，根據《民法典》第五百零六條的規定，合同中的下列免責條款無效：（一）造成對方人身損害的；（二）因故意或者重大過失造成對方財產損失的。

例如，甲乙雙方經充分協商，在平等自愿、協商一致的情況下，就共同開拓市場達成合作協議。其中約定，乙方負責辦理建立分公司所需要的相關工商、稅務等手續。在合作期間，分公司開展經營所涉及的開辦費用、人員工資等一切經營費用以及工商稅收等相關事務均由乙方承擔相關的經濟及法律責任，甲方無須承擔任何責任。對于乙方以分公司名義所承接的一切節能改造業務，甲方均享有最終的審批決定權。

總之，制定合作協議的免責條款需要綜合考慮多方面因素，確保其既符合雙方的利益訴求，又不違反法律法規和社會公共利益。