EDI許可證（在線數據處理與交易處理業務許可證）的審批部門主要取決于企業申請的范圍和所在地。具體如下：

全網EDI許可證：如果企業申請的是在全國范圍內或跨省、自治區、直轄市經營的全網在線數據處理與交易處理業務許可證，審批部門是國家工業和信息化部（簡稱“工信部”）。工信部負責對全國范圍內的電信業務進行管理和監督，包括對增值電信業務的審批。

地方EDI許可證：如果企業僅在某一省、自治區或直轄市范圍內經營，那么申請的EDI許可證將由該省、自治區或直轄市的通信管理局負責審批。通信管理局是地方電信業務的監管機構，負責本地區內電信業務的管理和許可發放。

無論申請的是全網還是地方EDI許可證，企業都需要向相應的審批部門提交申請材料，經過嚴格的審核后，才能獲得EDI許可證。審批流程通常包括收集申請所需材料、網上提交電子版蓋章材料、網上材料審核、書面材料提交、受理并領取資質等步驟。整個審批過程可能需要30-40個工作日，具體時間可能因地區和具體情況而異。

因此，企業在申請EDI許可證時，應根據自身業務范圍和所在地，明確向哪個部門提交申請，并嚴格按照要求準備和提交申請材料，以確保順利獲得許可證。