香港科技大學是因為1980年代經濟結構轉變而起。由于香港已經進入經濟轉接期，香港政府預計香港經濟會轉型為以高科技與商業為主，而工商業要求有更多大學生配合，所以當時香港政府就決定興建第三間大學，以配合這個需要。

1984年，《中英聯合聲明》簽署，確認英國將于1997年將香港主權移交予中華人民共和國，而當時的英軍便分批撤走，部份軍營也因此而空置。1986年，香港政府選址新界清水灣半島北部大埔仔的前高希馬軍營（Kohima Camp）興建香港科技大學。

1986年3月，香港政府首次公布香港將興建第三所大學。

1986年9月，香港科技大學籌備委員會成立。

1987年6月，香港賽馬會捐出港幣十五億元，作為建設科大校園的資金。

1988年9月，吳家瑋教授獲委任為科大創校校長。

1988年11月，香港科技大學校董會主席鐘士元博士主持校園奠基儀式。

1991年1月，科大教務委員會正式成立。

1991年10月，科大舉行開幕典禮。

1993年1月，與香港政府簽署了一億一千八百七十萬元的合約，發展赤鱲角新香港國際機場的風切變預警系統。

1993年10月，香港科技大學舉行第一次畢業典禮。

1994年2月，科大研發的激光沉積生產鉆石薄膜聚合物技術，在美國獲取第一個專利。

1995年1月，比爾·蓋茨蒞臨科大以「數碼化革命的未來」發表演說。

1996年1月，科大校長吳家瑋教授，發起組織東亞研究大學協會。

1997年12月，凱洛格 - 科大EMBA課程正式展開。

1999年4月，工商管理學院獲AACSB國際協會所認可。

1999年9月，研究項目"資訊科技"被大學教育資助委員會選作卓越學科領域，是科大首個獲此資助的項目。

2000年11月，科大成功研發世界最細單壁納米碳管，直徑為0.4nm(納米)。

2001年4月，科大慶祝十周年校慶。

2001年9月，研究項目"分子神經科學研究之基礎研究及新藥開發"被大學教育資助委員會選作卓越學科領域，是科大第二個獲此資助的項目。

2003年9月，大學的納米材料技術研究所正式成立。

2003年10月，凱洛格 - 科大EMBA課程，被金融時報在全球七十五個課程中，評為世界第九位。

2005年7月，霍英東基金捐贈港幣八億元，支持科大策略發展及內地拓展計劃。

2006年5月，大學圖書館命名為李兆基圖書館，以表彰他對大學的貢獻。

2006年6月，斯蒂芬·霍金教授，為高等研究院主持首場講座。

2007年1月，香港科大霍英東研究院及其研究中心在南沙舉行開幕儀式。

2007年12月，凱洛格 - 科大EMBA課程，首次在<金融時報>的排名榜中位列第一。

2008年12月，香港科大深圳產學研大樓舉行奠基儀式。

2009年10月，凱洛格 - 科大EMBA課程被<金融時報>第二次評為世界第一。

2010年6月，香港科大霍英東研究院大樓在南沙動土興建。

2010年6月，科大成立首個分子神經科學國家重點實驗室。

2010年7月，周大福鄭裕彤基金捐贈九千萬元支持科大建設新的研究和學術大樓。

2010年9月，香港科技大學舉辦首個俄鋁校長論壇。

2011年4月，科大慶祝二十周年校慶，時任中華人民共和國全國人民代表大會常務委員會副委員長韓啟德教授及香港特別行政區行政長官曾蔭權先生親臨主持慶典。[2]

2011年5月，香港科技大學獲《QS亞洲大學排名》 ( Quacquarelli Symonds ( QS ) Asian University Rankings ) 列為亞洲排名第一的大學。[3]

2011年9月，科大深圳產學研大樓舉行開幕儀式。

2012年4月，鄭裕彤大樓舉行奠基儀式。

2012年10月，凱洛格 - 科大EMBA課程連續第四年被<金融時報>評為世界第一。

2013年7月，"新型的光波及聲波功能材料研究"和"神經突觸的發育，訊號轉導及精神疾病的分子機理研究"獲大學教育資助委員會選作卓越學科領域。

2013年9月，李兆基校園舉行開幕典禮。

2014年10月，何廷錫伉儷全新訪客資訊中心舉行開幕典禮。

2014年12月，香港科技大學霍英東研究院新大樓舉行開幕典禮。科大畢業生就業能力全球排行16位，位列大中華院校之首。

2015年1月，教資會"2014研究評審工作"評價顯示科大研究達"世界領先水平"成績稱冠。

2015年3月，廖長城議員獲委任為第五任校董會主席。

2015年7月，科大“本科生研究計劃”踏入十周年。

2015年9月，水上活動中心一期工程舉行動土儀式。

2015年11月，科大畢業生于全球大學就業能力調查及排行14位，蟬聯大中華院校之首。

2016年2月，鄭裕彤樓舉行開幕典禮。

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